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a Ciclo Unico
FARMACIA
BIOTECNOLOGIE FARMACEUTICHE
Insegnamento
BIOINFORMATICA
FAM1026892, A.A. 2012/13

Informazioni valide per gli studenti immatricolati nell'A.A. 2012/13

Principali informazioni sull'insegnamento
Corso di studio Corso di laurea magistrale in
BIOTECNOLOGIE FARMACEUTICHE
FA0244, ordinamento 2008/09, A.A. 2012/13
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Crediti formativi 2.0
Tipo di valutazione Giudizio
Denominazione inglese BIOINFORMATICS
Sito della struttura didattica http://www.farmacia.unipd.it/
Lingua di erogazione Italiano
Sede --
Corso singolo NON è possibile iscriversi all'insegnamento come corso singolo
Corso a libera scelta Insegnamento riservato SOLO agli iscritti al corso di BIOTECNOLOGIE FARMACEUTICHE

Docenti
Responsabile BARBARA SPOLAORE BIO/10

Dettaglio crediti formativi
Tipologia Ambito Disciplinare Settore Scientifico-Disciplinare Crediti
ALTRO Altre conoscenze utili per l'inserimento nel mondo del lavoro BIO/10 2.0

Organizzazione dell'insegnamento
Periodo di erogazione Primo semestre
Anno di corso I Anno

Commissioni d'esame
Nessuna commissione d'esame definita

Syllabus
Prerequisiti:
Risultati di apprendimento previsti: Al termine del corso lo studente saprà quali programmi disponibili in Internet utilizzare per determinare le principali caratteristiche chimico-fisiche di una proteina, ricercare proteine omologhe, reperire informazioni bibliografiche e risalire a dati sulla struttura tridimensionale. Sarà inoltre in grado di elaborare la struttura della proteina in forma grafica.
Contenuti: Prerequisiti: gli studenti devono avere nozioni di biochimica strutturale per comprendere le applicazioni dei programmi descritti nel corso. E' necessaria la conoscenza della lingua inglese per compredere le diapositive che il docente mostrerà a lezione ed il materiale di studio.

Lo scopo del corso è quello di illustrare agli studenti gli strumenti informatici disponibili in Internet per reperire informazioni sulla sequenza, struttura ed attività biologica delle proteine. Inoltre, il laboratorio approfondisce alcune tematiche affrontate nel corso di Biochimica Strutturale ed è utile per la frequenza del laboratorio del corso di Metodologie Biochimiche e Proteomica.
Programma: Il programma del laboratorio verterà principalmente su:
- l’interrogazione di banche dati di sequenze aminoacidiche, in particolare UniProt ed NCBI;
- l'utilizzo di programmi disponibili on line sul sito Expasy per l'analisi della sequenza primaria di proteine ed per ottenere dati quali il peso molecolare di una proteina, il punto isoelettrico, il coefficiente di estinzione molare, il profilo di idrofobicità e la predizione della struttura secondaria;
- programmi per determinare l’omologia di sequenza;
- programmi per predire i siti di idrolisi enzimatica ed esempi di applicazioni;
- l'utilizzo di banche dati di strutture di proteine (PDB) e di programmi per la visualizzazione e l’analisi della loro struttura terziaria (Pymol);
- l'utilizzo delle risorse informatiche dell'NCBI per la ricerca bibliografica e per ottenere informazioni su proteine.
Testi di riferimento: M. Michael Gromiha, Protein Bioinformatics: From Sequence to Function. India: Elsevier, 2010.
Metodi didattici: Il corso di bioinformatica si svolgerà nell’aula di informatica del Dip.to di Scienze del Farmaco ed è a frequenza obbligatoria. Durante il laboratorio la docente terrà delle lezioni introduttive sui programmi oggetto del corso che saranno seguite da esercitazioni fatte dagli studenti.
Metodi di valutazione: La verifica dell'apprendimento avverrà attraverso l'elaborazione di una relazione scritta su una proteina di cui lo studente analizzerà le caratteristiche chimiche e strutturali utilizzando gli strumenti informatici illustrati a lezione.
Altro: