Corsi di Laurea Corsi di Laurea Magistrale Corsi di Laurea Magistrale
a Ciclo Unico
Scuola di Scienze
BIOLOGIA MOLECOLARE
Insegnamento
GENOMICA
SCN1028833, A.A. 2015/16

Informazioni valide per gli studenti immatricolati nell'A.A. 2015/16

Principali informazioni sull'insegnamento
Corso di studio Corso di laurea magistrale in
BIOLOGIA MOLECOLARE
SC1175, ordinamento 2008/09, A.A. 2015/16
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Curriculum Percorso Comune
Crediti formativi 9.0
Tipo di valutazione Voto
Denominazione inglese GENOMICS
Sito della struttura didattica http://biologiamolecolare.scienze.unipd.it/2015/laurea_magistrale_biologiamolecolare
Dipartimento di riferimento Dipartimento di Biologia
Sito E-Learning https://elearning.unipd.it/biologia/course/view.php?idnumber=2015-SC1175-000ZZ-2015-SCN1028833-N0
Obbligo di frequenza
Lingua di erogazione INGLESE
Sede PADOVA
Corso singolo È possibile iscriversi all'insegnamento come corso singolo
Corso a libera scelta È possibile utilizzare l'insegnamento come corso a libera scelta

Docenti
Responsabile GIORGIO VALLE BIO/11

Dettaglio crediti formativi
Tipologia Ambito Disciplinare Settore Scientifico-Disciplinare Crediti
CARATTERIZZANTE Discipline del settore biomolecolare BIO/11 5.0
CARATTERIZZANTE Discipline del settore biomolecolare BIO/18 4.0

Organizzazione dell'insegnamento
Periodo di erogazione Secondo semestre
Anno di corso I Anno
Modalità di erogazione frontale

Tipo ore Crediti Ore di
didattica
assistita
Ore Studio
Individuale
LABORATORIO 2.0 32 18.0
LEZIONE 7.0 56 119.0

Calendario
Inizio attività didattiche 01/03/2016
Fine attività didattiche 15/06/2016
Visualizza il calendario delle lezioni Lezioni 2018/19 Ord.2008

Commissioni d'esame
Commissione Dal Al Membri
7 GENOMICA 2018-2019 01/10/2018 30/11/2019 VALLE GIORGIO (Presidente)
VEZZI ALESSANDRO (Membro Effettivo)
CAMPANARO STEFANO (Supplente)
6 GENOMICA 2017/2018 01/10/2017 25/11/2018 VALLE GIORGIO (Presidente)
VEZZI ALESSANDRO (Membro Effettivo)
CAMPANARO STEFANO (Supplente)
5 GENOMICA 2016-2017 01/10/2016 30/11/2017 VALLE GIORGIO (Presidente)
VEZZI ALESSANDRO (Membro Effettivo)
CAMPANARO STEFANO (Supplente)
4 genomica 2015-2016 01/10/2015 30/09/2016 VALLE GIORGIO (Presidente)
VEZZI ALESSANDRO (Membro Effettivo)
CAMPANARO STEFANO (Supplente)

Syllabus
Prerequisiti: I contenuti del corso sono stati definiti tenendo in considerazione i programmi della laurea triennale in Biologia Molecolare dell'Università di Padova. Si presuppone in particolare che gli studenti abbiano una approfondita conoscenza della genetica, della biologia molecolare e della Bioinformatica.
Il corso è in lingua inglese, quindi è necessario avere una buona conoscenza dell'inglese scritto e parlato.
Conoscenze e abilita' da acquisire: Il corso è diviso in tre parti principali: 1) Tecnologie di sequenziamento di DNA e sequenziamento genomico "shotgun"; 2) Genomica funzionale, inclusa trascrittomica, proteomica, interattomica, predizione genica, annotazione genica, epigenomica; 3) Analisi di polimorfismi, risequenziamento di genomi ed esomi, medicina personalizzata, integrazione di dati e biologia dei sistemi. Inoltre il corso è accompagnato da esercitazioni pratiche in cui gli studenti applicheranno metodi bioinformatici per analizzare dati genomici.
In considerazione della complessità della materia e in accordo con i descrittori di Dublino, particolare attenzione sarà dedicata affinché gli studenti acquisiscano la capacità di integrare le conoscenze e gestire la complessità dei problemi trattati, nonché di formulare giudizi sulla base di informazioni limitate e spesso frammentarie.
Modalita' di esame: L'esame sarà orale, ma un continuo monitoraggio sarà attuato durante l'intera durata del corso per verificare la comprensione degli studenti.
Criteri di valutazione: Nell'esame finale gli studenti dovranno dimostrare una compprensione sistematica del settore e dovranno sapersi destreggiare con i metodi della ricerca associati ad esso. Inoltre gli studenti dovrebbero essere capaci di analisi critica, di valutare e sintetizzare idee nuove e complesse, integrando gli argomenti di questo corso con altre conoscenze.
Contenuti: Il Corso consiste in 9 crediti formativi: 7 di lezioni e 2 di esercitazioni pratiche. Le lezioni saranno articolate nel seguente modo.

Part 1.
Presentation of course and practicals
Introduction: Life, Biology, Information, Genomes, Evolution
History of genomics
Next Generation sequencing (NGS)
NGS: data formats for reads
Classical sequence alignment and assembly algorithms
NGS read alignment
Alignment formats: gff, sam and bam
Genome assembly with NGS data
Mate pair libraries and scaffolding
Metagenomics

Part 2
Transcriptome: Northern, EST, Full length, Microarrays
RNAseq
Analysis of RNAseq data
Proteomics
miRNA,
miRNA target prediction; lincRNA
Interactomics, and functional associations
Gene prediction, gene ontology and gene annotation
DNA methylation and methylome analysis
Histone modification and ChIP analysis"

Part 3
Analysis of human mutations and polymorphisms
GWAS
Genome re-sequencing and Exome sequencing
Personalized medicine and related bioinformatics
Genome browser"
Data integration and systems biology
General summary, discussion and conclusions
Attivita' di apprendimento previste e metodologie di insegnamento: Il corso sarà tenuto con lezioni frontali e con esercitazioni pratiche. Sarà stimolata la discussione in classe.
Eventuali indicazioni sui materiali di studio: Non sono previsti libri ufficiali di testo e gli studenti saranno stimolati a trovare le informazioni su fonti multiple. Materiale didattico con gli approfondimenti di quanto spiegato a lezione sarà disponibile sul sito web del docente: http://didattica.cribi.unipd.it/genomica.
Testi di riferimento: